Mais ce qui brille n'est pas toujours d'or et un proverbe bien connu nous avertit aussi que "les rues de l'enfer sont pavées de bonnes intentions". L'utilisation abusive et la mauvaise gestion de l'écotourisme peuvent avoir des effets néfastes à la fois sur l'environnement et sur les peuples autochtones. Par exemple, un fort afflux de touristes peut nuire à l'environnement.
 En effet, il ne suffit pas d'être des écotouristes à appellation d'origine contrôlée pour éviter de contaminer les plus beaux endroits de la planète. Malheureusement, même le nombre de visiteurs peut être mortel pour des écosystèmes très fragiles. L'écotourisme a commencé à défendre le respect de l'environnement et à sauver les espèces menacées, mais il risque d'avoir des effets inverses. Cependant, les espèces menacées d'extinction attirent de plus en plus de touristes curieux qui perturbent et accélèrent le processus d'extinction. Il n'en demeure pas moins que, s'il est pratiqué dans le respect de la nature, l'écotourisme est toujours une excellente idée car il est source de ressources pour l'économie locale. Plus que toute autre chose, des règles sont nécessaires pour réglementer l'accès dans ces cas particulièrement délicats.
Il faut comprendre les impacts négatifs
Entre autres choses, l'expérience montre que le meilleur pour les populations et les environnements locaux est le touriste fortuné  même si c’est juste pour du tourisme aventure car les foules de pauvres sont malheureusement incontrôlables et ne sont pas porteuses de ressources. Des impacts environnementaux sont signalés dans différentes parties du monde : érosion des sentiers, présence excessive de déchets, modification du comportement de la faune, détérioration des récifs coralliens due à des plongeurs et des observateurs de la mer inexpérimentés, déforestation au Népal et dans d'autres régions pour réchauffer et nourrir les randonneurs. En 2001, en prévision de l'Année internationale de l'écotourisme proclamée par le PNUE pour 2002, il y a eu une protestation retentissante de la part de certaines communautés locales, regroupées au sein de l'Organisation du Réseau du tiers monde : les populations ont exprimé leur mécontentement face au tournant pris dans certaines régions du monde par l'écotourisme dont les choix, dans certains cas, risquaient d'être équivalents, tant sur le plan social qu'environnemental, aux choix du tourisme de masse.